Η Κρήτη ήταν το κέντρο του αρχαιότερου πολιτισμού της Ευρώπης, των Μινωιτών . Πινακίδες εγγεγραμμένες στη Γραμμική Α έχουν βρεθεί σε πολλές τοποθεσίες στην Κρήτη και λίγες στα νησιά του Αιγαίου. Οι Μινωίτες εγκαταστάθηκαν σε πολλά νησιά εκτός από την Αρχαία Κρήτη : ασφαλείς ταυτοποιήσεις μινωικών εκτός νησιών περιοχών περιλαμβάνουν την Κέα , τα Κύθηρα , τη Μήλο , τη Ρόδο και πάνω απ’ όλα τη Θήρα (Σαντορίνη).
Οι αρχαιολόγοι από τον σερ Άρθουρ Έβανς εντόπισαν και αποκάλυψαν το ανακτορικό συγκρότημα στην Κνωσό , την πιο διάσημη μινωική τοποθεσία. Άλλες τοποθεσίες ανακτόρων στην Κρήτη, όπως η Φαιστός , έχουν αποκαλύψει υπέροχα πετρόκτιστα, πολυώροφα ανάκτορα που περιείχαν συστήματα αποχέτευσης [5] και η βασίλισσα είχε ένα μπάνιο και μια τουαλέτα που ξεπλύνετο. Η τεχνογνωσία που επιδείχθηκε στον τομέα της υδραυλικής μηχανικής ήταν πολύ υψηλού επιπέδου. Δεν υπήρχαν αμυντικά τείχη στα συγκροτήματα. Μέχρι τον 16ο αιώνα π.Χ. κεραμική και άλλα κατάλοιπα στην ηπειρωτική Ελλάδα δείχνουν ότι οι Μινωίτες είχαν εκτεταμένες επαφές στην ηπειρωτική χώρα. Τον 16ο αιώνα ένας μεγάλος σεισμός προκάλεσε καταστροφές στην Κρήτη και στη Θήρα που επισκευάστηκε γρήγορα.
Περίπου τον 15ο αιώνα π.Χ. μια τεράστια ηφαιστειακή έκρηξη γνωστή ως η Μινωική έκρηξη διέλυσε το νησί της Θήρας, ρίχνοντας πάνω από τέσσερις φορές την ποσότητα εκτόξευσης από την έκρηξη Κρακατόα και δημιουργώντας τσουνάμι στο περίκλειστο Αιγαίο που έριξε ελαφρόπετρα έως 250 μέτρα πάνω από την επιφάνεια της θάλασσας στις πλαγιές της Ανάφης, 27 χλμ. ανατολικά. Οποιοσδήποτε στόλος κατά μήκος της βόρειας ακτής της Κρήτης καταστράφηκε και ο John Chadwick προτείνει ότι η πλειοψηφία των κρητικών στόλων είχε κρατήσει το νησί ασφαλές από τους ελληνόφωνους ηπειρωτικούς. Οι τοποθεσίες, εκτός από την Κνωσό, καταστράφηκαν από πυρκαγιές. Μυκηναίοι από την ηπειρωτική χώρα κατέλαβαν την Κνωσό, ανακατασκευάζοντας κάποια μέρη για να τους ταιριάζουν. Με τη σειρά τους υπάχθηκαν από μια μεταγενέστερη δωρική μετανάστευση.
