La Crète était le centre de la civilisation la plus ancienne d’Europe, les Minoens . Des tablettes inscrites en linéaire A ont été trouvées dans de nombreux sites en Crète et quelques-unes dans les îles de la mer Égée. Les Minoens se sont établis dans de nombreuses îles en plus de la Crète antique : les identifications sécurisées des sites minoens hors de l’île incluent Kea , Cythère , Milos , Rhodes et surtout Théra (Santorin).
Les archéologues depuis Sir Arthur Evans ont identifié et découvert le complexe de palais de Knossos , le site minoen le plus célèbre. D’autres sites de palais en Crète tels que Phaistos ont découvert de magnifiques palais en pierre à plusieurs étages contenant des systèmes de drainage, [5] et la reine avait un bain et des toilettes à chasse d’eau. L’expertise déployée dans l’ingénierie hydraulique était d’un très haut niveau. Il n’y avait pas de murs défensifs aux complexes. Au 16ème siècle avant JC, la poterie et d’autres vestiges sur le continent grec montrent que les Minoens avaient des contacts étendus sur le continent. Au XVIe siècle, un tremblement de terre majeur a causé des destructions en Crète et à Théra qui ont été rapidement réparées.
Vers le 15e siècle av. J.-C., une énorme explosion volcanique connue sous le nom de L’ éruption minoenne a fait exploser l’île de Théra, projetant plus de quatre fois plus d’éjectas que l’explosion de Krakatoa et générant un tsunami dans la mer Égée fermée qui a jeté pierre ponce jusqu’à 250 mètres d’altitude sur les pentes d’Anaphi, à 27 km à l’est. Toute flotte le long de la rive nord de la Crète a été détruite et John Chadwick suggère que la majorité des flottes crétoises avaient protégé l’île des continentaux de langue grecque. Les sites, sauf Knossos, ont été détruits par des incendies. Les Mycéniens du continent ont pris le contrôle de Knossos, reconstruisant certaines parties à leur convenance. Ils ont été à leur tour subsumés par une migration dorienne ultérieure.